1954年9月，作战部张震部长奉调到南京军事学院学习，王尚荣接任，在他就任作战部长的最初几年，中国几乎年年都有一场引起世界瞩目的战事。
一
1954年底到1955年初，他协助总参谋长粟裕，在一江山组织打了一场陆海空的立体战争，迫使美国第七舰队退出台湾海峡。
此后，蒋军飞机每年近400架次，昼夜不断地深入大陆袭扰，蒋军军舰和小股匪特在沿海活动更加频繁;美国向台湾提供“自由女神”飞弹、“狮子星Ⅱ”导向飞弹后，又决定在台湾部署可携带核弹头的“斗牛士”导弹。与此同时，国民党在金门集结了6个步兵师、8个独立炮兵旅计9.6万人;在马祖一带集结了3个步兵师计4万人。
美蒋一系列入侵袭扰行径，中国人民反应强烈，毛泽东在深思熟虑之后，决定对金门、马祖一带采取大规模军事行动。
1958年7月14日，国防部长彭德怀、总参谋长粟裕在北京旃坛寺召开作战会议，会议决定：以福州军区为主，调集22个炮兵营，轰击大、小金门蒋军目标;以东海舰队为主，调5个鱼雷艇大队、2个潜艇大队、1个高速炮艇中队和8个岸炮连，准备从海上打击蒋军舰艇。
王尚荣作为指挥中枢机构的负责人，根据会议要求作出火力配置、各军种间协同、各指挥机构设置及后勤方面等一系列行动方案。并向总参谋长粟裕提出了建议：如在金、马作战，必须显示出我军实力。射击开始普遍开花，然后集中摧毁小金马。作战的过程中，各兵种指战员应该轮换等等。粟裕对王尚荣的建议，均表示同意。
军委旃坛寺会议后，王尚荣奉命通知福州军区政委叶飞上将，由他担任前线总指挥，迅速完成炮击准备。
7月下旬，空军的两个师进驻福建地区。毛泽东、彭德怀得知两个师的调动，要王尚荣转告福建前指：“如敌机对福州、厦门及其机场进行轰炸时，我空军则对金门、马祖进行轰炸;如敌对我杭州、上海进行轰炸时，我空军则对台北进行轰炸。”
在此期间，毛泽东、彭德怀告诉王尚荣：最近敌两个师由台湾到金门、马祖换防，炮击选在换防时最佳，26日下午、27日早晨均可，由前指自己掌握。
王尚荣立即与叶飞通了电话，转告毛、彭的指示，并告第一次打击可发射炮弹1.5万至2万发。
随后，王尚荣又将毛、彭的指示通报了南京军区参谋长张爱萍、广州军区副参谋长李福泽、总后军械部副部长封永顺，并要求做好运输炮弹的计划，确保炮击所需。
27日，毛泽东指示：“打金门停止若干天似较适宜。”
8月，海峡上空的空战持续了半个月，我空军以损失20余架飞机的代价，取得击毁蒋军飞机50多架的战绩，使作战区域上空完全为我军控制。
8月17日，中共中央在北戴河召开政治局扩大会议。毛泽东拍板，炮击时间定在8月23日17时30分。
8月23日，一大早，王尚荣就接到前指福州军区副司令员张翼翔的电话，王尚荣向他交代：“彭总嘱咐：炮击时要抓一定的目标打，不要乱打，以免效果不大，造成浪费，敌人还会笑话我们。第一次炮击打1万发或1.5万发。对水面目标打舰艇，好好地打他几只，对地面也要打其主要目标。”
10时35分，彭总办公室郑文翰秘书向王尚荣传达了彭总的最新指示：“小打，主要打敌之舰艇，待敌还击时，再大打;暂时还不打，看几天，待敌人大批船只来后再打;把金门、马祖保留下来，二年内不考虑。”
15时30分，彭总办公室又来电话：“彭总午后对福建前指的电报有批示：‘我同意按前指意见，按时炮击。估计美军不会参加。’毛主席在15时看了彭总的意见，说：‘同意。’然后转给了周恩来总理。现叶飞已将毛、彭的指示，通知了前指。”
王尚荣再次给福建前指打电话，向张翼翔重发了毛泽东、彭德怀的指示。并强调，重点目标是敌指挥机构、炮兵阵地、雷达阵地、料罗湾的敌舰。
17时30分，面对金门的30公里海岸线上，排炮齐发。18时16分，福州军区副参谋长石一辰向王尚荣报告第一次炮击的情况：“我炮兵进行了两次火力急袭，现在大、小金门笼罩在一片烟雾之中。据我方观察，‘中字号’舰中弹5发。从敌方获悉，我炮打得很准，都打在金门防卫司令部和师部附近。‘灯’(雷达代号)已被打坏。我炮兵正在继续打敌军舰、压制炮兵。”
20多分钟后，石一辰又向王尚荣报称：“蒋国防部二厅与金门防卫部联络，金门告急，要求马祖支援。”石据此判断，这是金门方面要马祖炮兵向我黄岐阵地进行射击。石一辰请示：“如敌炮击时，我黄岐炮兵能否向敌还击?”
王尚荣请示了粟裕总长。粟裕指示：“可以还击。敌不打，我也不打。”
午夜0时55分，张翼翔向作战部值班室报告一天战况：从敌方获悉，大担、二担蒋军伤亡70人;小金门敌伤亡惨重，具体数字不详;大金门敌军一片混乱，伤亡数字目前尚不清楚;美军顾问团20余人下落下明。我一线炮兵已撤下10多个营，还留在阵地的有20多个营，总伤亡10人。现在，海军的快艇正在准备截击国民党“国防部长”俞大维的军舰;空军也做好了出战的准备。
开炮七、八分钟内，敌金门的通信联络全部中断，雷达被全部摧毁。
在水上餐厅正要为美军顾问举行的欢送晚宴，除一些副司令官、副参谋长外，还有陪俞大维来金门的华金祥、汪贯一，陪张锦锟师长来报到的龚厉昭，其余是金门防卫部各处处长，共20余人。这猝然而来的炮弹爆炸声，水上餐厅顿时落花流水。而早到场的金门空军副司令章杰、海军副司令赵家骧当场毙命，金门防卫副司令吉星文伤重殒命，参谋长刘明奎也受重伤。“国防部长”俞大维侥幸还未到会。
在金、马炮击开始后的一天晚上，毛泽东突然一个电话打到了作战部，找到王尚荣。
“主席，前线的情况进展顺利。一切按我们计划部署进行!”王尚荣说。
“前指的一举一动都要由张翼翔向你汇报，我们要好好观察一下美国人的态度!”毛泽东操着浓重的湘音，说罢就放下了电话。
王尚荣感到紧张，主席到底在考虑什么，是不是我们前线的部队出现了新的动向?他马上询问毛泽东的政治秘书林克。
林克是国际问题的专家。他在电话里向王尚荣说：主席近日向我们讲到过，向金门打炮，不是为了解放金门，而是蒋介石希望我们打炮。这样，蒋就有了抵抗美国压力的借口。
一直在指挥中心坐镇的王尚荣觉得问题有些蹊跷，也不好向林克多问。他立即平静下来，旋即联想到中央在美、蒋一系列问题上不同的斗争策略。
不久，毛泽东发布了由他亲自执笔，以彭德怀名义发布的《告台湾同胞书》。书中开篇说：“我们都是中国人，三十六计，和为上计。”并将停止炮击的时间延长到一周。
坐镇中枢的王尚荣，领略了毛泽东的雄才大略，他不停地自言自语地说：“和为上计。”
二
这一年，中国西南边陲的西藏，由于原地方政府和农奴主中一些上层反动分子的煽惑和外国敌对势力的暗中支持，一些地区的小股叛乱武装得以膨胀，叛匪们变本加厉地烧杀抢掠，袭击入藏的解放军和汉族干部，时局日趋严峻。
12月18日，叛匪在拉萨南的贡噶，伏击解放军车队，杀死解放军官兵37人，伤22人。第二天，叛匪又在贡噶以东的扎囊，袭击解放军值勤小分队，杀害解放军副团长殷春和及官兵36人，伤13人。1959年1月，叛匪围攻在昌都西南的中共扎木(现波密)县委，造成汉、藏干部及其家属的重大流血牺牲。
与此相呼应，青海、四川等地藏区的叛乱武装也逐渐会聚，并向拉萨移动。各种武器和装备，以及鼓吹叛乱的活跃分子，源源不断地潜入拉萨。旧藏军的主力也陆续进驻拉萨。仇视汉人和中央政府的阴霾，渐渐在拉萨上空弥漫。
这些情况很快就反映到北京，1月22日，毛泽东在一份文件上批示道：“现在他们有一支斗志较强的万人叛乱武装，这是我们的严重敌人。”毛泽东已经预见到：“西藏地区……总要来一次总决战，才能彻底解决问题。”
平叛剿匪作战，在我军历史上是一次极其艰巨复杂的军事行动。从社会性质来说，暴乱既有国际背景，又是少数民族上层极少数坏分子的反动行动，它是一场解放少数民族地区劳动人民的斗争。从地理条件来说，西南、西北地区是我国的边陲，经济不发达，交通不便，文化教育受限制，处于落后状态。从军事行动来说，它不是在正常条件下的战斗，而是在特定的地区、情况变化多端、极为复杂的地形上的战斗。
至1959年初，大部分地区的叛乱得到平息。但由于西藏地区的特殊情况，和中央对西藏上层采取的政治影响、慎重稳进、耐心等待的方针，叛乱反而呈蔓延势头。
3月10日，在西藏上层反动分子挑唆下，有2000多人聚集到14世达赖居住的罗布林卡闹事。现人大常委会副委员长帕巴拉·格列朗杰的哥哥帕巴拉·索朗降措来到这里时，闹事的暴徒用乱刀杀了这位反对叛乱、积极同中央政府合作的西藏自治区筹备委员会的官员，然后马尾拖尸沿街示众，威胁心向中央政府的藏民。
西藏军区副司令员桑顿·才旺仁增路过闹事地点，他刚走下汽车，就被暴徒们打倒在地，若不是警卫人员迅速把他救上车，他也将惨遭毒手。随后，闹事的人以武力控制了罗布林卡和附近的药王山制高点，在大喇嘛绒朗色、宗教官土登降秋、原噶厦政府三噶伦之一索康、主管财政官员夏格巴等煽动下，闹事者们高呼“西藏独立”、“汉人滚出去”等口号游行。以拉萨为中心的全面武装叛乱，由此开始。
3月19日夜晚，匪徒们继16日夺取通往拉萨的青藏公路控制权后，向我军驻藏部队发起全面攻击。就在这一天，中共中央和中央军委，作出了“为了维护祖国统一和民族团结，解救西藏地区人民的痛苦，坚决平息西藏上层反动集团策划的武装叛乱”的决定。
王尚荣接到命令，立刻让作战参谋用保密电话向西藏军区司令员张国华、第一政委张经武下达。
